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2017年四川大学-复旦大学“生命组学大数据分析及其在精准防治中的应用”——华西暑期课程班

时间:2017-04-03





一、背景

在精准预测、精准预警、精准预防、精准医疗大背景下,随着基因分型、新一代测序、传感和图像技术的发展与成熟,产生了海量的基因组/表观基因组、生理、图像和临床的数据(包括各类常见和罕见变异、insertion/deletion, CNVs, RNA-seq, methylation-seq and Chip-seq),使得大数据分析方法成为当前研究多基因复杂疾病易感性、复杂疾病的发生机制和疾病防治研究与药物开发的关键技术,并将成为我国基因组医学自主创新的重要条件。因为通过对不断增加的、越来越复杂多样的基因组、表观基因组及生理和解剖数据的分析将为整体解析疾病的遗传和表观遗传结构提供珍贵的信息,同时也将为提高疾病的诊断、预测临床结果、了解疾病进展特征、增强健康管理和精准医疗/预防提供基础。


本暑期课程班将提供对日益增加的、复杂多样的基因组、表观基因组及生理和图像大数据分析的统一标准框架、基础知识和有效的算法工具,并展示多变量分析到功能数据分析、关联分析到因果分析、低解析度数据到高解析度数据、单个基因组/表观基因组/生理/图像/临床到多个整合的数据分析的全套解决方案。课程设计通过真实数据和案例分析来介绍目前统计方法、计算算法和软件的发展,以满足当前对规模越来越大的复杂基因组、表观基因组数据统计分析培训的巨大需求。为此在四川大学华西公共卫生学院和复旦大学现代人类学教育部重点实验室的共同支持下举办本次暑期课程班,旨在满足这种需求并为国内外基因组/表观基因组大数据分析、统计遗传学领域的专家学者、计算系统生物学家、从事复杂疾病遗传易感性研究和预防统计的专业人员、生物信息科学工作者、研究生提供一个互相交流的平台,也为今后的项目交流和相互合作创造条件。


 因此本暑期课程班的目的是:1)举办一个组织良好和高品质的短期课程,探讨统计遗传学和基因组学/表观基因组学的前沿发展和方法;2)促进四川大学、复旦大学和各国大学、研究所的国际合作;3)为研究人员/学生与外国专家互动交流提供一个宝贵的平台;4)提供文化交流和跨文化学习的独特机会。


本期暑期课程班将采取中英文授课,并对来自海外的国际学员开放。


二、会议时间地点


时间:2017年7月2日至2017年7月9日

地点:四川  成都



三、报到和学习时间地点


报到时间:2017年7月2日

报到地点:四川大学华西公共卫生学院

上课地点:四川大学华西公共卫生学院学术报告厅

上机地点:四川大学华西公共卫生学院计算机中心



四、会议日程安排

7月3日

上午:开幕式——四川大学领导/华西公共卫生学院领导致辞

          

特邀报告(李晓松/钟杨)

Association studies for next-generation sequencing (NGS)

1) Functional Principal Component Analysis for Association studies with NGS data (MoMiao Xiong)

2) Novel Statistical methods for Association Analysis of Multiple Traits with NGS Data (MoMiao Xiong)

3) Functional Regression Model for Gene-gene and Gene-Environment Interaction Analysis Functional (MoMiao Xiong)

4) Evaluation of Most Existing Statistical Methods for Association and Genetic Interaction Analysis with NGS Data (MoMiao Xiong)


下午: 专题——基因组数据理论方法培训与研讨

1.群体遗传结构对关联分析的影响(何云刚)

2.群体基因组学与基因定位研究(徐书华)

 

晚上:上机实习

Using R and C (Panpan Wang, Kelin Xu)


7月4日    

上午:特邀报告(陈峰)

Big Data Analysis in Precision Medicine

1) Intelligent and Smart Learning Methods for Drug Resistant  Biomarker Identification from big  WGS, RNA-seq, mi RNA-seq and Methylation Data Sets (MoMiao Xiong)

2) Integrated genomic, epigenomic and Image Data Analysis for Drug Biomarker Discovery and Disease management (MoMiao Xiong)

3) Novel Statistical methods  for Whole Genome Genotype- Expression- Methylation- Image- Phenotype- Disease causal Network Construction (MoMiao Xiong)

4) Integrated Causal Omics and Image Network Analysis for Drug Target Discovery (MoMiao Xiong)


下午:专题——基因组数据理论方法培训与研讨

1. 精准医学研究设计与统计分析方法/组学大数据分析中的因果推断方法(薛付忠)

2. 报告题目待定(郭秀花)


晚上:上机实习

Using R and C (Panpan Wang, Kelin Xu)

Epistasis detection with Functional Regression Model (王盼盼)


7月5日

上午:特邀报告(王文静)

Family-based association studies and RNA-seq data analysis

1)   Group test with NGS data and demonstration with real data (Yin Yao)

2)   Linear regression for QTL analysis in nuclear families (Yin Yao)

3)   Traditional methods for interaction analysis (Yin Yao)

4)   Heritability calculation: from GWAS to NGS (Yin Yao)

5)   A multivariate analysis for sub-domains of ASD (Autistic disorders)

6)   Pharmacogenetics study using imputed genotype data (Yin Yao)

7)   Exploring genetic overlap between Schizophrenia and obsessive compulsive disorder (Yin Yao)

8)   Discovery of new driver genes implicated in esophageal cancer (Yin Yao)


下午:专题

1.比较基因组学和分子进化中的统计分析方法(谷迅)

2. Statistical Methods in Precision Medicine (周晓华)


晚上:上机实习(Yin Yao,苏志熙)


7月6日 

上午:特邀报告(金力)

Case-control based association studies and RNA-seq data analysis

1)  Group test with NGS data and demonstration with real data (Yin Yao)

2)  General introduction of clustering analysis (Yin Yao)

3)  Quantitative analysis in nuclear families (Yin Yao)

4)  An example for the  integration analysis of genotype data and neuroimaging data (Yin Yao)

5)  A time series model to predict drug onset (Yin Yao)

6)  Enrichment analysis used on a large data set with drug onset and GWAS information (Yin Yao)

7)  How are we are from Precision Medicine? ( a few real examples will be presented, (Yin Yao)


下午:专题

Joint modeling strategy for medical challenging data with application to British practices(潘建新)


晚上:上机实习(Yin Yao)


7月7日    

上午:特邀报告

1. 报告题目待定(李康)

2. 报告题目待定(王彤)


下午:上机实习(安捷伦专家)

颁发培训证书或继续教育学分


7月8日  分组讨论与学术交流、实习

7月9日  离会


五、特邀报告人

1. 金力,博士、复旦-浩青特聘教授、中科院院士,复旦大学副校长。研究领域涵盖医学遗传学、遗传流行病学、计算生物学、人类群体遗传学和基因组学。承担973、863等多项国家重点研究项目和重大课题。在国际学术刊物如Nature、Science、PNAS、American Journal of Human Genetics等发表论文200余篇。Human Genomics、现代人类学通讯主编。

2. 熊墨淼,教授,博士生导师。现任美国德州大学公共卫生学院终生教授。复旦大学特聘讲座教授。熊墨淼教授是国际著名统计遗传学专家,主要研究领域为统计遗传学与系统生物学。他在关联分析,基因之间、基因与环境之间交互作用模型、遗传交互网络, 因果网路构建, Image-genomics, and Omics 等方面成绩显著。在Nature、PNAS、Genome Research、American Journal of Human Genetics、Genetics等国际学术刊物发表论文近200篇,citations 超过10,000。

3. Yin Yao,教授,博士生导师。哥伦比亚大学遗传学博士,法国里昂国际癌症研究所博士后。复旦大学现代人类学研究中心特聘教授,现为美国NIH精神疾病研究所研究员。多年来一致从事复杂疾病遗传易感性研究。先后主持和承担了多个NIH课题,具有丰富的复杂疾病遗传易感性研究关联分析工作经验。在Nature Genetics、Science、American Journal of Human Genetics、Cancer Research等国际学术刊物发表论文100余篇。

4. 卢大儒,教授,博士生导师。复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为基因组医学,人类遗传学, 基因治疗。发表SCI论文百余篇,获奖30余项。兼任中国遗传学会副秘书长等职,和实验生物学报、国外医学遗传学分册和突变癌变畸变杂志编委等。

5. 谷迅,教授,博士生导师。美国爱亥华洲立大学遗传学系教授,复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为比较基因组学、生物信息学、系统生物学。在国际学术刊物上发表论文多篇,获奖多项。

6. 徐书华,博士,现为中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员、研究组长、博士生导师。主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究,包括混合人群的遗传结构、环境适应和基因定位策略等。部分相关工作发表在Science、American Journal of Human Genetics、Molecular Biology and Evolution等杂志30多篇。曾获全国百篇优秀博士论文、中科院青年科学家奖、上海市青年科技启明星、教育部自然科学奖(一等奖)(第二完成人)等。

7. 何云刚,博士,中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员。主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究,并着重于基因组多态性的群体遗传学, 计算基因组学和疾病研究中的计算生物学问题。部分相关工作发表在PNAS、Cell Research等杂志。

8. 钟杨,教授,博士生导师。复旦大学生命科学学院教授,西藏大学特聘教授(教育部长江学者),国家杰出青年基金获得者。现任西藏大学校长助理、复旦大学研究生院院长、国家“863”生物资源与安全技术主题专家组成员。BMC Bioinformatics、科学通报、Journal of Systematics and Evolution、Computer Methods and Programs in Biomedicine、Protein & Cell和Computer Biology and Chemistry等学术刊物编委。主要从事分子进化研究及生物信息学分析,发表SCI论文180余篇,曾获国家发明二等奖和教育部自然科学一等奖。

9. 石乐明,博士,复旦大学生命科学学院教授,国家千人计划特聘专家,从事精准医学、药物基因组学和医学大数据研究。领导MAQC国际组学大数据质控与标准化研究计划,自然出版集团出版3个专辑;发表论文190多篇(其中11篇发表于Nature Biotechnology),SCI引用7,000多次;获4项美国专利授权,1.1类原创抗肿瘤新药西达本胺获CFDA批准上市。

10. 倪挺,博士,研究员,博士生导师。现为复旦大学生命科学学院研究员并入选中组部“青年千人”计划。主要从事真核生物全基因组水平的基因表达调控研究。针对转录起始、过程调控、转录终止这三个核心环节,系统创建了基于高通量测序方法的转录研究体系,特别是转录起始位点、反义转录体和多聚腺苷酸加尾的全基因组水平精确定位。在Nature Methods(一作), Nature Protocols(一作), Nature(共同作者), PNAS(共同作者, 三篇)等杂志发表多篇重要论文。申请13项中美专利,5项已获授权。

11. 田卫东,教授,博士生导师。现为复旦大学生命科学学院生物统计学研究所教授。曾获上海曙光学者、上海浦江人才等,中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事,上海市医学会罕见病专科学会专业委员。主要研究方向为运用统计学、计算科学、生物信息学等手段进行算法开发,对组学数据进行整合分析并精确预测基因功能、基因-基因相互作用关系、基因表现型及疾病候选基因等;构建生物大分子网络模型鉴定基因模块、研究基因模块在疾病生物网络中的动态变化行为。

12. 王文静,教授,主任医师,博士研究生导师,美国Vanderbilt大学In-gram医学中心博士后;曾获上海领军人才、上海市优秀学科带头人、上海市科技启明星、启明星后。复旦大学客座教授、上海交通大学兼职教授,上海市遗传学会遗传与分子诊断专委会副主任委员。主要从事分子流行病学技术在慢性病、肿瘤预防和控制中的应用工作。曾先后主持或参与国家“973”项目、国家“十一五”重大传染病防治”科技重大专项、国家自然科学基金等。已在《Genetics》、《PLoS Genet》、《Cell Research》、《Hum Mol Genet》等国内外核心学术期刊上共发表学术论文或论著121篇,曾获上海市卫生系统 “银蛇奖”,中华预防医学会科学技术奖三等奖,上海市科技进步奖一等奖等多项奖项。

13. 李晓松,流行病与卫生统计学博士,教授,博士生导师。现任四川大学华西公共卫生学院院长、华西第四医院院长;美国华盛顿大学高级访问学者;现为英国皇家统计学会Fellow、国际生物统计学会中国分会副理事长、中国卫生信息学会常务理事、中国卫生信息学会卫生统计学教育专业委员会主任委员、国务院学位委员会全国医学专业学位教学指导委员会委员、教育部高等学校公共卫生与预防医学类专业教学指导委员会委员;《现代预防医学》主编、《中国卫生统计》副主编;普通高等教育国家级规划教材《医学统计学》第2版和第3版主编、全国高等学校预防医学专业规划教材《卫生统计学》(第8版)主编、全国高等学校医学研究生规划教材《统计方法在医学科研中的应用》主编;获“全国优秀科技工作者”荣誉奖章。

14. 周晓华,教授,北京大学讲席教授、国家“千人计划”入选者、北京大数据研究院中医大数据中心主任,北京大学医疗健康大数据中心副主任,华盛顿大学生物统计系教授、美国国家阿尔茨海默病合作研究中心副主任、国际生物统计学会中国分会 (IBS-China) 理事长、获得美国科学促进会会士(Fellow)、美国统计学会会士(Fellow)、国际统计研究院会士, 美国联邦政府退伍军人事务部授予研究生涯科学家奖,中国国家自然科学基金委海外杰出青年学者、教育部高层次文教专家、教育部海外名师等荣誉称号。美国FDA医疗器械和放射健康顾问委员会委员。 周晓华教授已在国际审查期刊上出版了230篇SCI文章。周晓华教授在大数据分析方面有丰富经验,在医学检验,因果推断分析,缺失数据,脑科学,卫生经济,卫生服务等领域发明了许多重要的统计方法。

15. 潘建新,教授,国家“千人计划”专家,英国曼彻斯特大学数学学院统计学教授、曼彻斯特大学医学院荣誉教授,英国皇家统计学会Fellow,生物医学统计学杂志《Biometrics》、《Biometrical Journal》和《Biostatistics and Epidemiology》编委。主要从事复杂数据、大数据统计方法研究及其在生物医学领域的应用研究,取得了多项创新性研究成果。在统计学主流杂志上发表论文90多篇,在Springer和科学出版社出版专著2部。已培养博士研究生16人和愽士后5人。

16. 陈峰,生物统计学博士、教授、博士生导师。现任中国卫生统计学会统计理论与方法专业委员会主任委员,国际生物统计学会中国分会(IBS-China)副理事长,中国临床试验统计学组(CCTS working group)组长,我国临床试验生物统计学指导原则主要起草人之一,江苏省卫生统计学会主任委员,ICSA会员。主要从事非独立数据、生物医学高维数据、临床试验评价和分析中的统计理论与方法。主持过国家自然科学基金重点项目、面上项目、青年项目共6项,负责多项973、863、攻关项目、支撑项目、国家自然科学基金重大项目等课题的统计设计和分析,承担30多项新药临床试验的统计设计和分析。发表和联合发表论文180多篇,教材和学术专著18部。

17. 薛付忠,生物统计学教授,博士研究生导师。现任山东大学公共卫生学院副院长,山东大学齐鲁生物医学大数据研究中心主任;兼任中华预防医学会健康保险专业委员会主任委员、中国慢病大数据发展联盟副理事长、中国卫生信息学会医学统计教育专业委员会副主任委员及理论与方法学专业委员会常务委员,中华预防医学会生物统计学专业委员会常务委员,国际生物统计学会中国分会(IBS-China)常务理事等职。主要研究领域包括“组学数据统计分析与系统流行病学理论方法研究与应用”等。先后主持或承担了国家自然科学基金面上项目9项,科技部“863”项目、国家科技支撑计划项目、国际合作项目等多项课题。以第一作者或通信作者在国内外发表论文150余篇,其中60余篇被SCI收录。获省部级奖3项,获国家发明专利1项。参编卫生部、教育部规划教材3部。

18. 李康,教授,博士生导师,卫生统计学教研室主任。主编临床5年制《医学统计学》(第6版)规划教材,副主编研究生《统计方法在医学科研中的应用》(第1版)规划教材、预防医学《卫生信息管理学》(第1~2版)。主持和完成5项国家自然科学基金,发表专业学术论文120篇。主要社会兼职:中华预防医学会生物统计分会副主任委员、中国卫生信息学会统计理论与方法委员会副主任委员、中国医药系统工程专业委员会副主任委员,国家食品药品监督管理局(CFDA)审评专家,澳大利亚Latrobe大学兼职教授,《 Biostatistics and Epidemiology》杂志副主编。主要研究方向:高维组学数据分析模型与方法,目前主要研究妇科肿瘤的生物标志物。

19. 王彤,山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教授,博士生导师。现任中华预防医学会生物统计分会副主任委员,中国卫生信息学会卫生统计教育委员会副主任委员,国际生物统计学会中国分会常务理事等。主要研究领域为高维数据分析与慢性病风险评估等。承担国家自然科学基金、全国统计科研重点项目、教育部重点项目等课题,山西省优秀青年学术带头人。

20. 郭秀花,教授、博士生导师。现任首都医科大学公共卫生学院副院长、流行病与卫生统计学系主任、临床流行病学北京市重点实验室副主任。荣获“北京市教学名师”、“北京市优秀教师”、“总后勤部优秀教师”、“总后勤部育才银奖”;目前以第一作者或责任作者已发表科研论文250多篇,其中SCI论文65篇;获批北京市学术创新团队带头人;近5年主持国家自然基金重点项目、国家科技部“十三五”课题、国家科技部“十二五”支撑项目课题、973项目子课题、国家自然基金面上项目、北京市自然基金重点项目等15项;主编专著或教材13部(其中2部为北京市精品教材);“医学统计学”北京市精品课程负责人;获省部级科技进步三等奖8项;获批国家级专利4项;在9个全国或北京市学会兼职,其中中国现场统计生物统计学会担任副理事长、北京生物统计与数据管理研究会担任副主任委员、IBS-CHINA担任常务理事等职务。


六、组织委员会

主任委员:金力 院士(复旦大学副校长)


委员:李晓松(四川大学)、熊墨淼(复旦大学)、姚音(复旦大学)、卢大儒(复旦大学)、钟杨(复旦大学)、徐书华(中科院计算生物所)、何云刚(中科院计算生物所)、谷迅(复旦大学)、石乐明(复旦大学) 、王文静教授(上海CDC)、周晓华(华盛顿大学)、潘建新(曼切斯特大学)、陈峰(南京医科大学)、薛付忠(山东大学)


秘书长: 钱吉(复旦大学)、张琦(四川大学)


七、联系方式

联 系 人:郑丽娟 13162530183

                钱    吉 13918022845

                王玲娥  13918012013

通讯地址:上海市淞沪路2005号复旦大学江湾校区生命科学学院大楼A601,200438

传真:021-51630607

E-mail:lijuanzh201208@163.com


八、举办单位

主办单位:四川大学、复旦大学、上海市遗传学会

承办单位:四川大学华西公共卫生学院、复旦大学现代人类学教育部重点实验室

合作媒体:医传网(www.biomeds.cn)


九、会议注册报名

a.优惠报名

2017年5月31日前:

学生:1200元/人

其他人员:1500元/人


2017年5月31日后:

学生:1600元/人

其他人员:2000元/人


b.会议报名方式

2017年6月15日之前报名。

报名链接:https://www.sojump.hk/m/12920376.aspx

或微信扫下方二维码识别报名。名额有限(共100人),请尽早报名。



c.注册费用

注册费包含资料费。交通与食宿费用自理,可回原单位报销。


银行转账或汇款方式: 

户        名:复旦大学

开户银行:中国农行五角场支行营业部

帐        号:033267-08017003441

用        途:论坛会议费 

注:转账或汇款时,敬请注明:“姓名-单位-生命组学大数据分析2017暑期学校”



四川大学华西公共卫生学院

复旦大学现代人类学教育部重点实验室

2017年3月

   


实用信息-住宿和交通

住宿

1.成都万里客商务酒店(200元以内/间)

电话:028-85597078(自行打电话预定房间,报“华西暑期课程班”)

地点:成都市武侯区电信路20号(到华西公共卫生学院步行距离约700米)




2.成都华西天使宾馆(300-400元/间)

电话:028-85422800

地点:成都市武侯区电信南街10号(到华西公共卫生学院步行距离约1.1公里)

住宿标准:单间370元起/间(含早)、标间380元/间(含早)



预订:扫描二维码或微信搜索“成都天使宾馆”公众微信,点击关注后可通过公众微信平台预订或登录华西天使宾馆官方网站http://www.cdangelhotel.cn自助预订,微信/官网订房享更多优惠!预订流程:关注酒店公众微信→客房预订房间预订选择入住时间间数、人数、促销码(SQKCB)查找选房型预订支付电话:028-85422801。



华西天使宾馆公众微信二维码

    


交通

1.成都双流国际机场—四川大学(华西校区)-西区:17.3公里

公交:机场专线1号线,在华西坝站下

 




2.成都火车北站—四川大学(华西校区)-西区:6.6公里

  公交:地铁1号线,火车北站-华西坝,华西坝站B站口出,步行300多米。

 




3.成都火车东客站—四川大学(华西校区)-西区:10.2公里

  公交:地铁2号线转1号线,成都东客站-华西坝,华西坝站B口出站,步行300多米。




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